Les Agences de l’eau assurent, dans le cadre de leur compétence territoriale, des missions fondamentales comme la protection, la préservation et la lutte contre la pollution des ressources en eau.
Elles entretiennent un lien étroit avec les services centraux et déconcentrés du Ministère de l’Écologie, de l’Énergie, du Développement Durable et de la Mer (MEEDDM) et avec l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques (ONEMA).

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